陕西省人大在执法检查中发现，陕西省政府于2008年成立了由省长任主任的秦岭生态环境保护委员会，其办公室设在发改委，分别作为秦岭生态环境保护的议事协调机构和办事机构。2013年底，因机构改革，陕西省撤销了这个机构，秦岭保护工作由各部门按职责分工各司其职。各市也上行下效撤销了相应的机构。这几年的实践证明，部门分头抓的体制下，秦岭保护的职责无法有效落实。尤其是遇到一些需要有人牵头、综合协调、齐抓共管的问题时，部门之间相互推诿扯皮，导致监管责任缺失，执法主体落实不到位，开展工作困难重重。
秦岭在陕西省境内共涉及6个市38个区县、452个乡镇、497万人，面积占全省的28％，人口占全省的1／7。秦岭的生态应该得到严格保护，但总体怎么保护，哪些地方重点保护，如何处理保护和开发的关系，缺乏总体规划的引领和约束；部门制定的专项规划也各自为政，很少相互衔接，造成秦岭保护工作缺乏应有的规范。
依托国家公园建设促进秦岭保护
针对秦岭生态保护中存在的问题，陕西省结合我国正在推进的国家公园体制试点，目前正积极探索建设秦岭国家公园。秦岭国家公园总体规划将坚持可持续发展战略，由政府主导和整合现有生态保护地的管理机构和职能，设立或指定明确生态保护专门机构，将秦岭国家公园建设成集保护、科研、教育、游憩和社区发展等多功能于一体的新型保护地，实现资源的有效保护和合理利用。
建设秦岭国家公园，体制是目前最大的障碍。为此陕西省林业厅副厅长党双忍建议，要以建立秦岭国家公园体制为前提，破除部门各自为政的束缚，综合统筹秦岭域内的森林资源、水、地质、风景、人文资源，整合国有林场、自然保护区、风景名胜区等，将生态保护、生态修复、旅游观光、科普科考等功能紧密融合。在《陕西省秦岭生态环境保护条例》的基础上，加快制定秦岭国家公园相关条例或办法，为秦岭国家公园建设奠定法治基础。
有专家还建议，在建设秦岭国家公园的基础上，今后应积极寻找秦岭保护与开发契合点。中国煤炭地质总局航测遥感局专家高会军说，与美国黄石公园等人烟稀少的国家公园不同，秦岭地区自古就有较多原住居民。目前秦岭地区涉及陕西六个地市，包括38个县510个乡镇，涵盖人口500多万。未来在建设秦岭国家公园过程中，除保护生物多样性外，也要通过适度开发确保区域内原住居民的生存和发展，使其从国家公园建设中受益，成为秦岭生态的自觉守护者。
陕西省秦岭发展研究会秘书长马义芳认为，在加强秦岭生态环境保护力度同时，秦岭地区旅游资源、矿产资源、生物资源也需合理开发利用，促进陕西省经济社会均衡的可持续发展，特别是陕南等地实现连片贫困山区的脱贫突破。为此可结合秦岭国家公园建设，按照十八大会议精神引入秦岭生态文明示范区建设概念，整合保护和开发的矛盾，通过实施水资源利用生态补偿化、秦岭矿产资源开发利用集约化和循环化、秦岭农副产品品牌化等措施促进秦岭地区整体发展。
